Tijdens een wortelkanaalbehandeling wordt er eerst gekeken waar de ontsteking zit. Hiervoor wordt meestal een röntgenfoto gemaakt. Ook worden verschillende testen uitgevoerd. Nadat duidelijk is welke tand ontstoken is, krijgt u een verdoving door middel van een injectie. 

De tand wordt aan de bovenkant open geboord zodat het wortelkanaal zichtbaar wordt. Met kleine vijltjes verwijdert de tandarts het ontstoken weefsel uit de tand. De tandholte wordt gedesinfecteerd en opgevuld.